Según nos cuenta Pausanias, fue el último héroe que Zeus engendró en una mujer mortal, Alcmena, la hija de Electrión, a la que encontrándose ella en Tebas, engañó presentándosele con la figura corporal de Anfitrión.
Alcmena, establecida en Tebas con Anfitrión, no había consentido consumar su matrimonio con Anfitrión hasta que éste ejecutara la campaña de castigo contra los Teléboas que Electrión no había podido llevar a cabo. También Anfitrión, había partido hacia Tafos y, gracias a la traición de Cometo, había conseguido una total victoria contra Pterelao y los Teléboas. Emprende así Anfitrión su triunfal regreso a Tebas, pero es cuando está cerca de la ciudad, cuando Zeus, enamorado de Alcmena, se presenta a ella haciéndose pasar por Anfitrión, le cuenta que ha cumplido victoriosamente la misión de castigo contra los teléboas que ella le había exigido (pues estos eran los asesinos de los hermanos de Alcmena), y logra así que Alcmena le reciba en su lecho, creyendo que es Anfitrión y consintiendo por fin en la consumación del matrimonio.
El entusiasmo de Zeus por Alcmena es tan grande, que triplica la duración de esa noche, haciendo que el sol salga con veinticuatro horas de retraso sobre lo que habría sido su orto ordinario. Apolodoro nos dice: “ese hijo para cuyo nacimiento el cielo consumió un día y el sol salió con retraso en el mar oriental por habérsele ordenado que retuviera su luminaria sumergida en el Océano”.
Terminada la larga noche, Zeus, sin descubrir a Alcmena su verdadera identidad, le regala una copa que dice haber recibido de sus soldados como trofeo de victoria; tras de lo cual, se marcha, siempre sin dejar a Alcmena el menor indicio o sospecha que no sea el verdadero Anfitrión. Poco después llega el verdadero Anfitrión y le parece que Alcmena lo acoge con cierta frialdad; es más, al referirle los pormenores de la campaña, Alcmena le dice que ya se lo ha contado la noche anterior, lo que alarma a Anfitrión, que llama a Tiresias para que le ilustre sobre lo que le haya podido suceder.
Así pues, Heracles nace en Tebas. Heracles recibió este nombre en un intento fallido por aplacar a Hera, ya que su existencia era fruto de uno de tantos deslices que Zeus tenía. Unos pocos meses después de su nacimiento, Hera envió dos serpientes a matarlo mientras dormía en su cuna. Heracles estranguló una serpiente con cada mano y fue hallado por su niñera jugando con sus cuerpos exangües como si fueran unos insignificantes juguetes.
En Tebas creció y recibió una educación: Anfitrión le enseña a conducir carros, Autólico, hijo de Hermes, a luchar con los brazos y cuerpo, Éurito, rey de Ecalia, a disparar el arco, Cástor a luchar con las armas, Lino a tocar la cítara y cantar a sus acordes. Aunque a este último, Lino, hermano de Orfeo, lo mata Hércules golpeándole con la lira irritado porque este le había golpeado a su vez. Y por este homicidio fue juzgado, pero se defendió Hércules alegando una ley de Radamantis que proclamaba inocente a quien repeliese una agresión injusta, y fue absuelto. Pero Anfitrión, temiendo que Hércules repitiese tal actuación, lo envía a cuidar del ganado vacuno en los pastizales. Allí es donde Hércules se hace adulto alcanzando enorme estatura y fuerza.
Un día, cuando regresaba de su cacería se encontró con los emisarios del rey minio Ergino de Orcómeno, que había derrotado años atrás a los tebanos y les había impuesto un pesado tributo que debían pagar cada año. Heracles los atacó, les cortó la nariz y las orejas y las ató a sus cuellos, enviándolos de regreso con el mensaje de que ése era todo el tributo que iba a recibir. El rey tebano Creonte le recompensó dándole en matrimonio a su hija, la princesa Mégara, cuya hermana menor, Pirra, se casó con Ificles, hermano del héroe. Heracles tuvo con Mégara varios hijos.
En un ataque de locura provocado por Hera, Heracles mató a sus propios hijos y a dos de sus sobrinos con sus propias manos. Al despertar y descubrir los terribles actos que había cometido, sintió un terrible dolor, y no quiso continuar viviendo con Mégara (otras versiones dicen que también Mégara fue asesinada junto con sus hijos por la locura que le provocó Hera). En penitencia por esta execrable acción, la sibila délfica le dijo que tenía que llevar a cabo diez trabajos que dispusiera Euristeo, el hombre que había usurpado su legítimo derecho a la corona y a quien más odiaba. Heracles llevó a cabo todos ellos con éxito, pero Hera le dijo a Euristeo que estimase que en dos de los trabajos había fallado, pues había recibido ayuda, por lo que ordenó dos más, que Heracles también completó, haciendo un total de doce.
El orden tradicional de los trabajos es:
1. Matar al león de Nemea.
2. Matar a la hidra del lago de Lerna.
3. Alcanzar a la cierva de Cerinia.
4. Capturar al jabalí de Erimanto.
5. Limpiar los establos de Augías.
6. Acabar con los pájaros del lago Estínfalo.
7. Domar al toro salvaje de Creta.
8. Robar las yeguas del rey Diomedes de Tracia.
9. Vencer a las amazonas y tomar el cinturón de Hipólita.
10. Matar a Gerión y robarle sus rebaños.
11. Robar las manzanas de oro del Jardín de las Hespérides.
12. Ir a buscar a Cerbero, a los infiernos, y llevarlo a Euristeo.
Otra de sus proezas tuvo lugar mientras caminaba por las tierras salvajes, Heracles fue atacado por los dríopes. Mató a su rey, Tiodamante, y los demás se rindieron y le ofrecieron al príncipe Hilas. Heracles tomó al joven como escudero y amante. Años después, Heracles e Hilas se unieron a la tripulación del Argo. Como argonautas sólo participaron en parte del viaje. En Misia, Hilas fue secuestrado por una ninfa. Heracles, con el corazón roto, le buscó durante mucho tiempo pero Hilas se había enamorado de las ninfas y nunca volvió a ser visto. El barco partió sin ellos
En su Eróticos, Plutarco afirma que los amantes masculinos de Heracles fueron tan numerosos que no era posible contarlos. Algunos de ellos fueron: Abdero (Encargado de las yeguas carnívoras del tracio Diomedes, que terminarían matándole. Heracles fundó la ciudad de Abdera en su honor, donde era homenajeado con juegos.), Admeto (Participó en la caza del jabalí de Calidón y también fue amante de Apolo, según Plutarco y Calímaco.), Yolao (Tebano, sobrino de Heracles, a quien ayudó en diversas ocasiones. Plutarco cuenta que en su época las parejas masculinas bajaban a su tumba en Tebas para prestar juramento de fidelidad a él y entre ellos.), etc…
Heracles murió voluntariamente, pidiendo que se le construyera una pira para acabar con su agonía. Tras su muerte en esta pira los dioses le hicieron inmortal, o alternativamente el fuego quemó la parte mortal del semidiós, quedando sólo la parte divina, se reconcilió con Hera y se casó con Hebe, una hija de ésta.
Nadie sino el amigo de Heracles Filoctetes (en algunas versiones Yolao o Poeas) podía prender su pila funeraria, y por esta acción recibió su arco y sus flechas, que más tarde necesitaron los griegos para derrotar a Troya.